国际科技合作执行机构的经费来源一般是基于“谁建立谁支持”的原则，因此根据国际科技合作执行机构的创建类型可以分为以下三种：
一是单边机构。这是一种很典型的，主要由创建执行机构进行拨款的方式。过去20年，美国国立卫生研究院(NIH)对国际合作的投资一直占其总支出的1.5~2%，是美国政府在国际生物医学研究合作方面投资最多的研究机构。1999年，NIH用于国际活动的支出为2.724亿美元，占NIH总预算156亿美元的1.7%，其中1.486亿美元用于研究资助；1.087亿美元用于科学家资助。而NIH的国际研究中心——John E. Fogarty健康科学高等研究国际中心(FIC)在2001年直接获得NIH 5048.2万美元的拨款。
日本脑科学研究中心研究经费逐年获得增长，也基本是由日本政府通过日本理化研究所拨款的(单位：亿日元)。
二是双边电动执行机构。双边合作研究机构由于往往是一方欲以提供科研经费来换取另一方的优势研究资源才会形成双边合作，因此研究经费承担义务会出现不平衡的现象。
RIKEN-BNL联合研究中心是典型的一方出资、双方受益的机构，日本理化研究所每年为RIKEN-BNL研究中心提供200万美元研究经费，并且一次投资180万美元为RIKEN-BNL研究中心建设了一台大型计算机，从而获取了美国布鲁克海文实验室提供的相应场地和设备使用权。此外，1995-1997年日本理化研究所向美国布鲁克海文实验室的相对论重离子对撞机提供过2000万美元的资助。研究人员的工资则由人员的派出方——日本理化研究所提供。
三是多边执行机构。多边合作研究机构一般是由多国或国际机构共同投资，电动执行机构以集中研究资金和资源，完成一国无法进行的研究工作。冯·劳埃和郎之万研究所(ILL)由法国、德国和英国每年提供超过6千万欧元的运行费用，其它6个参与合作的国家——奥地利、捷克、意大利、俄罗斯、西班牙和瑞士——也提供部分资金。另外，这9个国家也为本国的优先领域项目提供资金。法国、德国和英国也负责ILL的所有债务与最终的“退役”成本。
2002年ILL的收入、支出及购买分配情况：法国、德国和英国共提供了5020万欧元，占约83.67%，其它合作者提供了860万欧元，占4.33%，ILL自己收入约120万欧元，占2%，共计6000万欧元。在支出中，人员工资占53.33%，为3200万欧元；运行成本占16.17%，为970万欧元；设备花费占14.17%，为850万欧元。1601万欧元购买经费的执行情况为法国占68.46%，为1096万欧元；德国7.07%，113万欧元；英国9.13%，146万欧元；其他15.37%，246万欧元。
而欧洲同步加速器中心由于是由欧洲17个国家投资建设的，其运行的年度预算由17个国家按照协议规定的权限共同负担，其中法国负担27.5% ，德国(DESY)25.5% ，意大利15%，英国14%，西班牙4% ，瑞士、比利时和荷兰4%，丹麦、芬兰、挪威和瑞典6%；其余的4%由以下国家提供：葡萄牙1%，以色列1%，奥地利1%，捷克0.38%，匈牙利0.2%。
目前，多国疟疾研究计划(MIM)的主要资助者是美国的NIH、英国的医药研究理事会、法国的巴斯德研究所。此外，由于MIM是一个国际科研合作组织，所以其很多资助活动是通过世界银行进行拨款的。MIM的研究项目资助数额已经由1995年的8500万增加到2000年的1亿美元。
第三，国际科技合作执行机构的职能与作用。
国际科技合作执行机构在促进国家科技整体水平提升的进程中，在培养和凝聚高级人才的进程中、在产出重要研究成果的进程中、在研究开发国际化、促进国家竞争力不断提升的进程中，担负着重要的责任和任务。
一是在与国家目标相关的重大科技问题的研究中起着重要作用。电动执行机构世界主要发达国家和发展中国家为确立自己的地位与作用，对科学技术的发展给予了高度重视并采取积极措施，各国在规划R&D活动中，纷纷制定了相关的科技政策，而发展合作研究的政策重点正是如何更好地为国家目标服务。对澳大利亚来说，还没有哪一个其他国家使用的方法比CRC计划能更有效地解决国家创新体系中存在的主要问题。这些问题是：非常重要的科技资源分散于各研究机构中，在地理位置上也不集中；科技资助方式也不利于建立大规模的多学科的研究队伍；大学及研究所和其他政府研究机构的信息和技术服务于社会的能力有限；提供给学生学习经验的机会有限；同样研究人员与学生交流机会也很少。这些存在的问题不仅得到科学家的重视，而且得到了澳大利亚总理和政府的重视。
澳大利亚科学家认识到建立研究者与应用者之间密切联系的重要性和紧迫性。他们希望创建一种新型的电动执行机构，这种结构既可以加强研究队伍，又可以加强研究者与应用者之间的联系，采取研究中心的形式，从不同的单位吸收研究人员和研究成果的应用者组成，具有适当的规模和组合，选择恰当的地点，形成一个真正的有持续影响力的研究中心。在这个研究中心中，研究者主要从事较长期的战略研究，电动执行机构从研究工作开始，研究成果的应用者主要从事开发和应用工作。澳大利亚科学家希望这种中心的存在能够证明包括研究者、应用者和社会在内的大合作的优越性，同时通过加强全澳的研究发展力量、科研资金以及科技领导，并在以往薄弱的地方取得显著成效。
科学家创建这样一种合作中心的计划得到了澳大利亚政府的大力支持和批准。1990年澳大利亚政府批准合作研究中心计划，当年拨款1亿澳元给50个合作研究中心，每个合作研究中心每年有200万澳元的财政支持。此外，每个合作研究中心每年还从大学、研究所、企业得到大约200万澳元的科研经费。
最初的合作研究中心评选是在1991年，随后每两年进行一轮，已经进行了7轮评审，先后建立了123个合作执行机构。目前仍在运行的有63个合作中心，每年财政经费达1.3澳元，其中约有三分之一为政府CRC计划资助，其余三分之二为参与单位提供。到目前为止，CRC的总支出约为58亿澳元，其中政府提供20澳元，参与机构提供38亿澳元(其中大学13亿4500万，企业10亿7800万，联邦科工组织8亿2600万，其他国家研究机构2亿7300万)。
澳大利亚政府为了更好地认识CRC计划的有效性，在1995年、1998年分别组织了两次该计划的总体评价。1998年所进行的总体评价的主要结论是：CRC在国家创新系统中起到了桥梁作用。合作中心的一个重要目标是加强研究机构之间以及研究机构和企业之间的长期合作，使国家在R&D的投入能得到最大的利益。调查显示，合作研究中心在连接国家研究机构、高等教育机构和企业、技术使用者之间起到了桥梁作用。如1998年参加CRC计划的有250多家本地和国际的大公司，61个州政府机构，35所大学，24个联邦科工组织的研究所，8个其他联邦政府研究机构，8个乡村研究与开发公司以及国外研究机构。电动执行机构合作研究中心吸引了各国许多优秀的研究人员为澳大利亚的科技发展服务，加强科技与经济的结合。合作中心既是人才的聚集地，又是科技成果的生产基地。这是一个非常好的从世界各国借脑促进本国科技经济发展的范例。
欧洲核研究组织(CERN)是世界上最大的粒子物理研究中心，也是当时欧洲最大的联合研究计划，执行机构是欧洲第一批合作机构之一，目前已成为国际合作的光辉典范。CERN主要担负物质的基本结构及其基本相互作用的研究，目前，世界上的高能物理实验约有一半是在CERN完成的。到1999年，其参与国数量达到了20个，使之成为有600多名优秀高能物理学家参加的、世界上最大的高能物理实验组。当前，在CERN工作的3000余位科研人员，分别来自80多个国家和地区的500多个研究机构。